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Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. Paco Sánchez, Juanjo Díaz y José Carlos Trasante pasaron por el banquillo en esta temporada. En la temporada 95-96 el club adquiere una plaza en Territorial Preferente y empieza a competir. Luis Oliver Albesa y su equipo desaparecieron del mapa y dejaron a César Traversone, director deportivo, como única cabeza visible del club. A balón parado, Muniain busca la cabeza de Raúl García, que no puede rematar el servicio al anticipar el central brasileño. Entre ellos han jugado algunos de los considerados como los mejores jugadores de la historia del futbol como pueden ser Alfredo Di Stéfano, Raúl Gonzalez, Iker Casillas, Ronaldo Nazario, Luis Figo, Zinedine Zidane, David Beckham, Cristiano Ronaldo, Karim Benzema o Luka Modric, entre otros. La historia del club a nivel internacional viene ligada estrechamente a la de un jugador en particular: Alfredo Di Stéfano. En la promoción de ascenso el F. C. Cartagena se enfrenta al Club Deportivo Alcoyano.
La recta final del campeonato dejó al FC Cartagena fuera de los play-off de ascenso. El FC Cartagena se había ganado el derecho a jugar el play-off de ascenso, y era favorito para lograr el objetivo. Sin embargo, una posterior racha de victorias consecutivas acompañadas de un fútbol ofensivo que disfrutabamos cada vez más seguido, llevó al equipo a optar por los puestos de play-off de ascenso, un objetivo al que se llegó a estar muy cerca en la jornada 31 a tan solo 3 puntos del 4.ª por aquel entonces el Ceuta y a 4 puntos del 3.ª. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al F. C. Cartagena, finalizando el campeonato en 8.ª posición. El Fútbol Club Cartagena es un club de fútbol de la ciudad de Cartagena en la Región de Murcia en España, que actualmente juega en la Segunda División de España. «La próxima temporada afrontaré un nuevo reto en mi carrera deportiva, el primero fuera de España, pero antes me gustaría despedirme de dos clubes que han sido mi casa en las últimas temporadas y que siempre serán especiales para mí», es el texto que se puede leer en el inicio del mensaje de Rober.
El 21 de mayo en medio de una rueda de prensa, el capitán del equipo Xavi Hernández anuncia que dejará la institución culé a final de la campaña, esto luego de 17 temporadas en las que logró alzarse con 23 títulos, además de disputar 764 encuentros siendo el jugador con mayor número de partidos oficiales como azulgrana. David Amaral empezó la temporada como entrenador pero dimitió a mitad de competición coincidiendo con la marcha de Miguel Torrecilla, en su lugar vino José Luis Montes pero sería destituido por los malos resultados, y Juan Francisco Alcoy tomó las riendas en las últimas jornadas. Juan Francisco Alcoy arrancó la temporada en el banquillo manteniendo un buen equilibrio de puntos pero el juego no era nada vistoso y esto le costó el puesto en una decisión polémica. La temporada fue muy irregular, Felipe Mesones se sentó en el banquillo para dirigir el equipo hasta su destitución para ser sustituido por José Ramón Corchado. En la temporada 2008-2009, con Fabriciano González Fabri en el banquillo, el F. C. Cartagena finaliza la primera vuelta con 37 puntos, coliderando la clasificación junto con el Club Deportivo Leganés.
Luis Oliver Albesa aterriza en Cartagena tras haber fracasado en su proyecto de ascender al Xerez CD a Primera División, y lo hace prometiendo el ascenso inmediato y formando una gran plantilla. Tras los últimos fiascos, la afición no esperaba nada nuevo para la temporada 2005-2006. Juan Ignacio Martínez era el entrenador y Francisco Gómez Hernández puso a su disposición a una gran plantilla a la que debía conjuntar avalada por el secretario técnico Miguel Torrecilla. La temporada 2003-2004 es la primera de Francisco Gómez Hernández al frente del club. En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. Se juega de nuevo en el grupo III de 2.ª B. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club, ambos a semejanza del histórico Cartagena FC para acercar el club a la ciudad de Cartagena. En la temporada 2004-2005, el F. C. Cartagena vuelve a jugar en el grupo IV de 2.ª B. Pep Balaguer inicia la temporada como entrenador, pero pronto sería destituido por los malos resultados.