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El torneo se inició con los dieciséis equipos enfrentándose todos contra todos en encuentros de ida vuelta. En la segunda parte del torneo los dieciséis equipos se distribuyeron en dos grupos de ocho y estaban conformados, futbol camisetas uno por los equipos que ocuparon los puestos impares en la fase previa y el otro por los pares. El subcampeón se definió en una Liguilla en la que participaron los equipos ubicados entre el segundo y el sexto lugar del Descentralizado, más el campeón del Torneo Zonal. Para el Campeonato Descentralizado 1997 se jugaron dos torneos en el año, el Apertura y el Clausura, donde el campeón nacional salía del enfrentamiento entre los campeones de cada torneo.
